La prehistòria i la història antiga del terme estan documentades a través de tretze jaciments arqueològics. Destaquen les coves del puig de Santa Eugènia, des Puget, de Son Matxina, de ses Coyes, de Son Tano i de can Paiou. La cultura talaiótica queda constatada pel jaciment des Rafal, on hi ha un gran talaiot de planta circular que, devers 1915, va ser donat a coRéixer per Vicenç Furió Kobs a josep Colominas Roca, el qual l’excavà. A més, es troba el turó fortificat de sa Mola, de Son Vidal, i les restes prehistóriques de Son Mateu i de sa Talaia.

Durant l’época islàmica, féu part de les alqueries de Benibahari i de Benibazari, pertanyents al iuz’ de Qanarusa. Hi habitava la tribu dels zanata, que no oferí gaire resistència a la Conquesta de Mallorca de Jaume I, el qual dominà sense grans dificultats tot el territori (1229). En el Llibre del Repartiment de Mallorca (1232), es documenta la concessió de part de les terres de Santa Eugènia a Bernat de Santa Eugènia, que va ser (1230-31) governador de Mallorca. Ja des d’aquest segle i fins al XIX, Santa Eugènia pertangué administrativament a Santa Maria.

Durant l’época islàmica, féu part de les alqueries de Benibahari i de Benibazari, pertanyents al iuz’ de Qanarusa. Hi habitava la tribu dels zanata, que no oferí gaire resistència a la Conquesta Catalana de Jaume I, el qual dominà sense grans dificultats tot el territori (1229). En el Llibre del Repartiment de Mallorca (1232), es documenta la concessió de part de les terres de Santa Eugènia a Bernat de Santa Eugènia, que va ser (1230-31) governador de Mallorca. Ja des d’aquest segle i fins al XIX, Santa Eugènia pertangué administrativament a Santa Maria.

El s XV, Santa Eugènia tenia ja un petit nucli de cases, no gaire distanciades, i una plaça. Fins llavors havia mantingut una estructura social i econòmica dinamitzada per les principals alqueries i rafals. En la revolta de les Germanies (1521-23), hi participaren la majoria de taujans, fins i tot els principals propietaris. La derrota agermanada suposà per als habitants de Santa Eugènia el pagament de fortes multes i indemnitzacions.

Segons I’historiador santamarier Josep Capó Juan, en el darrer terç del s XVI, el terme tenia una tercera part de la població de Santa Maria. Entre 1583 i 1585, al poble de Santa Eugènia, s’hi construí un temple, signe evident del creixement de la població, el qual era sufragani de la parróquia de Santa Maria.

El s XVII, es caracteritzà per la forta escassetat i penúria econòmica. Al primer terç del segle, Santa Eugènia tenia més habitants que la vila de Santa Maria, al punt que hi hagué fortes tensions entre els dos nuclis amb relació a la ubicació de l’escrivania pública.

A partir del decenni de 1630, Santa Maria experimentà un notable augment de població, que féu que Santa Eugènia tomàs a quedar per davall. A la década de 1650, hi tornà a haver enfrontaments entre els taujans i els santamariers per l’emplaçament de l’escrivania. El març de 1655, el rel manà que novament s’installàs a Santa Maria. A mitjans XVIII, hi hagué intents de segregar-se de Santa Maria del Camí, que beneficiaren una relativa autonomia dels taujans en la presa de decisions. Durant aquell segle, el nucli urbà de Santa Eugènia es desenvolupà encara més i s’establiren part de les comunes i el Puget, fins llavors propietat de la parròquia.

El municipi es consolidà després d’una llarga etapa (1812-42). El juny de 1813, es va fer la divisió entre el terme municipal de Santa Maria del Camí i el de Santa Eugènia. La restauració absolutista de Ferran VII abolí (1814) el nou municipi i el reintegrà a Santa Maria. Durant el Trienni Constitucional (1820-23), amb el govern dels liberais, es recobrà la independència municipal.

El març de 1820, es formà el nou Ajuntament, que fou integrat pel batle, Joan Montblanc, i per quatre regidors i un síndic. El retorn de l’absoiutisme significà una nova abolició de l’autonomia municipal i la reincorporació a Santa Maria (1823-40). El juny de 1840, el Govern Superior Polític de Balears, a petició de Pere Joan Coil i altres veins, decretà la separació definitiva. La independència municipal s’aconseguí definitivament el 1843, després de superar la resistència de Santa Maria.

Entre els canvis que es produiren durant els primers decennis del segle XIX, s´ha de destacar la construcció del cementen, situat al peu des Puget, i i’ampliació de l’esglèsia parroquial.

Al principi de segle XX, malgrat el domini de la dreta tradicional, s’hi començà a organitzar el socialisme. El 1920, es fundà el sindicat de camperols L’Espiga, que estava adherit a la Federació Obrera de Camperols i tenia 47 afiliats.

A les eleccions municipals de 1931, varen ser elegits quatre regidors independents, dos de regionalistes, dos de Iiberals i un de conservador. A les eleccions generais de juny de 1931, la coalició republicanosocialista va ser la candidatura més votada; mentre que a les generais de novembre, la coalició de centredreta obtingué el 80% deis vots.

A les eleccions de febrer de 1936 es confirmà el predomini de la dreta, amb el 81% deIs vots, mentre que el Front Popular aconseguí el 19% restant. Durant aquell període es dugué a terme una intensa vida associativa. Entre les pnincipais activitats culturals i d’oci.El 20 de juliol de 1936 la Guàrdia Civil es féu càrrec de la casa de la vila sense resisténcia i fou nomenada una comissió gestora. L' època franquista suposà la desaparició del ritme polític i cultural del període republicà. No obstant aixó, durant el decennis de 1940 i 1950, funcionaren l’agrupació teatral d’Acció Católica i la companyia es Molins, que actuaven en el Centre Católic.

Així mateix, es crearen diversos clubs de futbol (Joventut Esportiva Santa Eugènia i Club Atlanta) i els bars de can Prim i can Topa esdevingueren la seu social de diverses associacions. També, entre 1920 i 1940 funcionà la sala de cinema de Can Perico i, entre 1941 i1963, es féu cinema al Centre Católic. Amb la restauració de la democràcia, a les eleccions locals de 1979, la candidatura més votada va ser la d´Unió de Centre Democràtic.

De les eleccions locals de 1995, sorgí una majoria del pacte signat entre els partits PSM i UM. De les eleccions locals de 1999 i 2003, sorgí una majoria absoluta del partit PSM.

Des de les darreres eleccions locals de l'any 2007, el Partit Popular governa amb majoria absoluta.